La vision de Joachim de Flore
Joachim développa réellement une nouvelle vision de l'histoire humaine. Traditionnellement, l'Église en disait peu sur la période entre la venue et le retour du Christ sur terre, tout au moins une fois que les espoirs initiaux d'une apocalypse imminente se furent estompés (voir la prophétie de Gog et Magog). Cet intervalle était considéré essentiellement comme une période d'attente, la plupart des gens d'Église se contentaient d'y voir un mauvais moment à passer. Cependant, l'étude que Joachim fit de l'Ancien et du Nouveau Testament le convainquit que la Bible cachait une histoire de progrès spirituel. Il voyait l'époque de l'Ancien Testament du Père comme un temps de loi, d'obéissance,de hiérarchie, de peur et de servitude, finalement remplacée par l'Âge du Nouveau Testament du Fils, une ère de grâce, de foi et de soumission filiale. Sa suggestion révolutionnaire était qu'un Troisième Âge allait apparaître, pour remplacer à son tour l'âge du Fils, le nouvel âge serait l'âge du Saint-Esprit, et ferait place à l'amour, la liberté, la contemplation, la communauté et la joie.
Joachim tenait du poète ainsi que du mystique, et sa description de l'avenir débordait de lyrisme. Après la nuit étoilée de l'Ancien Testament et l'aube du Nouveau, écrivait-il, le nouvel âge se situerait en plein jour. En d'autres termes, ce serait l'été arrivant après l'hiver et le printemps des âges précédents. En tant que moine, il considérait les ordres monastiques comme l'avant-garde de l'ère à venir. Tout comme l'Ancien Testament avait eu les douze patriarches et le Nouveau les douze apôtres, de même Joachim pensait que douze personnages du monde monastique marqueraient le Troisième Âge.
Selon lui, un maître suprême ou un "nouveau chef" se distinguerait parmi eux, pour détacher l'humanité des préoccupations terrestres et la conduire vers des préoccupations spirituelles. Le Troisième Âge verrait l'apogée du plan de Dieu sur le monde – les païens seraient convertis, la connaissance de Dieu serait directement révélée au cœur de tous les hommes, et la terre entière s'unirait enfin dans la paix et la contemplation extatique du divin mystère.
Des études plus poussées convainquirent Joachim que l'époque promise était proche. Il considérait que la période de gestation préparant à son avènement avait commencé, ainsi que le mouvement monastique lui-même, avec l'œuvre de saint Benoît, le pionnier de la vie religieuse communautaire au VIe siècle. Établissant un parallèle avec les 42 générations qui, selon l'Évangile de saint Matthieu, avaient séparé Jésus d'Abraham, Joachim pensait que l'Âge du Saint-Esprit naîtrait après le passage d'une période équivalente qui, selon ses calcules, débuterait entre 1200 et 1260. Il présageait également un intervalle difficile avant son avènement, qui serait marqué par l'apparition de deux nouveaux ordres monastiques. Le premier serait purement contemplatif, tandis que le second disséminerait le message.
La vision de l'ère nouvelle donnée par Joachim éveilla une résonance chez ses contemporains, particulièrement dans les monastères. Une condition préliminaire à la venue du Troisième Âge semble se concrétiser dans les années qui ont suivi sa mort avec la création de deux ordres mendiants, les Franciscains, voués à la pauvreté et à l'initiation du Christ, et les Dominicains prêcheurs. L'influence de Joachim était en fait particulièrement puissante au sein de ces ordres, surtout auprès des franciscains pour qui l'accent sur le retrait du monde pour se vouer au spiritisme correspondait bien à la perspective de Joachim.
La nativité mystique, peint par Botticelli vers 1501, ainsi appelé à cause de son symbolisme mystérieux, combine la naissance du Christ à une vision de son retour, et représente en fait une allégorie joachimite du Troisième Âge. Les anges et les hommes sont représentés en train de célébrer la naissance divine, tandis que sept démons vaincus s'enfuient eux enfers
Des accusations d'hérésie
Joachim lui-même était toujours soucieux d'éviter la controverse, et il bénéficia du soutien du pape tout au long de sa vie. Toutefois, il ne fallut pas longtemps avant que certains de ses disciples ne se mettent à tirer des conclusions politiques radicales de ses idées. Bien que Joachim ait loyalement soutenu la papauté, d'autres considérèrent que l'Église officielle, avec ses vastes richesses matérielles, étayait l'ancien monde en déclin. Les disciples de cette opinion commencèrent à émettre des commentaires sur les écrits de Joachim et, bientôt de nouveaux ouvrages en son nom se mirent à circuler. Le plus explosif était l'Évangile éternel, qui proposait de replacer l'Ancien et le Nouveau Testament, devenus superflus, par le Troisième Âge. Dans la même veine, l'Évangile éternel prétendait que l'Église établie était elle aussi révolue, les messagers de vérité étant désormais les frères mendiants.

Joachim de Flore, gravure tirée des Vaticinia sive Prophetigae, 1589
De telles idées furent rapidement considérées comme hérétiques, et au cours du siècle suivant, de nombreux individus qui les soutenaient furent persécutés ou même tués. Plus nombreux encore furent ceux qui étaient impliqués dans des controverses lorsque le rêve joachimite se mêla à l'ancienne attente apocalyptique d'un empereur de la fin des temps, qui introduirait un âge d'or avant le retour du Christ (voir le règne de l'Antéchrist). Désormais, ces croyances étaient liées aux espérances d'un personnage nouveau, le pape angélique, qui oeuvrerait avec le dernier empereur pour faire venir l'Âge du Saint-Esprit.
Les idées joachimites se perpétuent
L'an 1260 arriva sans avènement du Troisième Âge, amis ceci ne ternit pas pour autant la popularité de Joachim. La notion d'un âge d'or, dans lequel toutes les fautes et défaillances du monde seraient balayées s'avéra simplement trop séduisante pour qu'on l'abandonne si facilement. Elle se poursuivit et vint influencer des personnages tels que le poète Dante – qui plaçait Joachim parmi les prophètes dans La Divine Comédie.
Les idées de Joachim influencèrent également les mystiques tardifs comme Brigitte de Suède. À l'âge de 41 ans et mère de huit enfants, Brigitte se tourna vers une vie de repentance et de prière. En 1350, elle alla jusqu'à Rome, où elle passa les 23 dernières années de sa vie. Là, elle eut des visions, prédisant la ruine de l"Eglise si celle-ci ne s'amendait pas. Elle essaya de paver la route pour l'arrivée du pape angélique en suppliant la papauté de retourner à Rome après son exil temporaire à Avignon, au XIVe siècle. De même, Catherine de Sienne, la future sainte patronne de l'Italie, essaya de racheter l'Église avec ses visions : elle la voyait comme l'épouse du Christ, défigurée dan des haillons crasseux qui un jour rayonnerait de nouveau dans toute sa splendeur, couverte de bijoux et couronnée de toutes les vertus.
Sans lui être toujours attribuées, les idées de Joachim ont survécu jusqu'à l'époque moderne mettant sous le charme des générations de réformateurs sociaux qui voyaient une grande ère de progrès humain apparaître, pour balayer le retard des temps révolus. Le plus étrange est que ses théories refirent surface vers la fin du XXe siècle sous couvert de l'astrologie avec les théories New Age, promettant à la manière de Joachim l'arrivée d'une ère de paix, de communion et d'amour. Aussi invraisemblable que cela paraisse, l'Âge du verseau serait né il y a plus de huit cents ans en Italie du Sud, dans les rêveries bibliques d'un abbé timide.